制药工业废水常用的处理方法大多为：物化法、生化法、其他组合工艺等。物化法主要有混凝沉淀法、气浮法、吸附法、电解法和膜分离法；化学法主要有催化铁内电解法、臭氧氧化法和Fenton试剂法；生化法主要有序批式活性污泥法（SBR法）、普通活性污泥法、生物接触氧化法、上流式厌氧污泥床（UASB）法；其他组合工艺主要有电解+水解酸化+CASS工艺、微电解+厌氧水解酸化+序批式活性污泥法（SBR）、USAB+兼氧+接触氧化+气浮等工艺。